核黄素缺乏病的病因很多，维生素B2摄入量不足、胃肠道吸收障碍、维生素B2需要量或消耗量增加、遗传因素和部分药物影响等，都可能引发本病。
1.维生素B2摄入量不足动物性食品（如乳类、肉类、肝、蛋等）和新鲜蔬菜均富含维生素B2。长期偏食、烹调方式不合理等原因可导致维生素B2摄入不足，容易引发本病。
2.胃肠道吸收障碍 长期腹泻、慢性溃疡性结肠炎、节段性回肠炎、小肠恶性肿瘤等疾病，均可影响维生素B2的吸收导致维生素B2缺乏。
3.维生素B2需要量或消耗量增加 多见于妊娠期、哺乳期，高热、剧烈运动等。
4.遗传因素 相关基因缺陷，也可引起维生素B2缺乏。
5.药物影响 如氯普马嗪、阿霉素、阿的平等药物均可抑制维生素B2的转化利用。
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