根据上述职责，自治区人力资源和社会保障厅设24个内设机构：
（一）办公室
负责机关政务事务工作，承担综合协调和督促检查；负责机关文电、会务、机要、档案、财务、修志、提案（议案）办复、政务公开、保密工作，综合管理机关信息化建设；负责综合治理工作；负责对口扶贫帮扶工作；指导机关服务中心的工作。
（二）政策研究处
组织开展人力资源和社会保障地方性政策研究工作；承担重要文稿起草工作；协调专家咨询工作；承担人力资源和社会保障新闻宣传及新闻发布工作。
（三）法规处
组织起草人力资源和社会保障地方性法规和规章草案；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；监督检查相关政策法规执行及依法行政情况；承担相应行政复议、行政应诉和行政处罚听证工作；承担相关法律、法规、行政规章的培训咨询和普法宣传教育工作及有关法律事务工作。
（四）规划财务处
拟订人力资源和社会保障事业发展规划和年度计划；承担编制全区社会保险基金预决算草案工作，参与拟订人力资源和社会保障资金(基金)财务管理制度并监督实施；承担厅机关和厅属事业单位的财务指导和审计工作；承担专项资金、国有资产管理、基建、政府采购工作；承担有关信息化建设规划和统计管理工作；承担有关科技项目和国际援贷款项目。
（五）就业促进处
拟订就业规划和年度计划，拟订劳动者平等就业、农村劳动力转移就业和跨地区有序流动政策，健全公共就业服务体系；指导规范公共就业服务信息管理；参与拟订专项就业资金使用管理办法；牵头拟订高校毕业生就业政策，承办普通高中等院校毕业生就业信息统计、就业派遣等工作；拟订就业援助和特殊群体就业政策；拟订国（境）外人员（不含专家）来疆就业管理政策。
（六）人力资源市场处
拟订人力资源市场发展规划和相关政策，负责人力资源市场监管工作；拟订区内外人力资源服务机构市场准入管理制度；指导和监督对职业中介机构的管理；拟订人员调配政策，并按规定承办调配人员事宜，承办自治区特殊需要人员的调配工作；组织实施选派专业技术人员到边远艰苦地区服务工作；承担新疆紧缺人才信息发布工作；会同有关部门承办科技副县（市、区）长选派及科技特派员工作。
（七）军官转业安置处（自治区军队转业干部安置工作小组办公室）
负责协调相关部门拟订军队转业干部安置、培训政策和安置计划，做好自治区区级单位和中央驻疆单位军队转业干部安置选调和培训工作；负责协调相关部门做好军队转业干部随调家属安置工作；组织拟订部分企业军队转业干部解困和稳定工作政策；负责制订自主择业军队转业干部安置政策；承担自治区军队转业干部安置工作小组的具体工作。
（八）职业能力建设处
拟订城乡劳动者职业培训、创业培训政策和规划；拟订全区技能人才、农村实用人才培养和激励政策，完善职业技能资格制度；拟订自治区公共实训基地建设规划、专项资金使用管理办法并组织实施；拟订技工院校、职业培训机构、职业技能鉴定机构发展规划和管理规则并监督实施；指导师资队伍和教材建设；贯彻国家职业分类、职业技能国家标准和行业标准的意见并组织实施；负责自治区职业技能竞赛工作。
（九）专业技术人员管理处(自治区专业技术人员职称办公室)
拟订专业技术人才队伍规划和政策，组织实施高层次专业技术人才培养和选拔工作，承担组织享受政府特殊津贴专家的选拔工作；综合管理深化职称制度改革工作；拟订继续教育政策，负责继续教育基地的评估认定工作；健全博士后管理制度；拟订吸引国（境）外专家、留学人员来疆（回疆）工作或定居政策；拟订国（境）外机构在疆内招聘专业技术骨干人才管理政策。
（十）事业单位人事管理处
负责事业单位人事制度改革和人事管理工作；贯彻实施事业单位人员和工勤人员管理政策；按照管理权限，承办事业单位专业技术岗位设置方案的核准或备案事宜；研究制订事业单位人员考核、奖惩、惩诫、辞职、辞退等管理制度并组织实施。
（十一）农民工工作处
贯彻落实国家农民工工作综合性政策和规划，维护农民工合法权益；推动农民工相关政策的落实，协调解决重点难点问题；协调处理涉及农民工的重大事件；指导、协调农民工工作信息建设。
（十二）劳动关系处
贯彻落实国家劳动关系政策；拟订劳动合同和集体合同制度实施规范；拟订全区企业职工工资收入分配调控政策和办法，指导和监督国有企业工资总额管理和企业负责人工资收入分配；拟订并组织落实最低工资标准；指导劳动标准制订工作；监督执行消除非法使用童工政策和女工、未成年工的特殊劳动保护政策；参与区级企业劳动模范评定工作。
（十三）工资福利处（自治区机关事业单位工资工作办公室）
拟订机关事业单位工作人员工资收入分配、福利和离退休政策；负责机关事业单位人员和工资总额管理工作；拟订统一发放工资政策；承办自治区机关事业单位工资制度改革领导小组具体工作。
（十四）养老保险处
拟订全区机关企事业单位基本养老保险及其补充养老保险政策；拟订城镇居民养老保险政策、规划和标准；拟订养老保险基金管理办法；拟订养老保险基金预测预警制度；组织落实企业职工离退休政策；拟订企业死亡职工遗属待遇和非因工伤残职工待遇政策和给付标准。
（十五）失业保险处
拟订全区失业保险政策、规划和标准；拟订失业保险基金管理办法，参与社会保险基金预决算工作；建立失业预警制度，拟订预防、调节和控制较大规模失业的政策；拟订经济结构调整中涉及职工安置权益保障的政策。
（十六）医疗生育保险处
拟订医疗保险、生育保险政策、规划和标准；拟订医疗保险、生育保险相关政策并组织实施；组织拟订定点医疗机构、药店的医疗保险和生育保险服务管理、结算办法及支付范围和标准；落实国家制定的职工疾病、生育停工期间的津贴标准；拟订机关企事业单位补充医疗保险政策和管理办法。
（十七）工伤保险处
拟订全区工伤保险政策、规划和标准；完善工伤预防、认定和康复政策；拟订和完善全区劳动能力鉴定管理办法，指导监督劳动能力鉴定机构的工作；拟订全区工伤保险基金管理办法、待遇项目和给付标准；组织拟订定点医疗机构、药店、康复机构、残疾辅助器具安装机构的资格标准。
（十八）农村社会保险处
拟订农村养老保险和被征地农民社会保障的政策、规划和标准；会同有关方面拟订农村社会保险基金管理办法；拟订征地方案中有关被征地农民社会保障措施的审核办法，指导监督农村社会保险经办机构业务工作。
（十九）社会保险基金监督处
拟订社会保险及其补充保险基金监督制度、运营政策和运营机构资格标准；依法监督社会保险及其补充保险基金征缴、支付、管理和运营，并组织查处重大案件；参与拟订全区社会保障基金投资政策。
（二十）调解仲裁管理处
贯彻执行国家和自治区劳动、人事争议调解仲裁法律、法规、规章、政策；拟订劳动、人事争议调解仲裁工作的实施规范，指导监督劳动、人事争议调解仲裁工作；指导开展劳动、人事争议预防工作；依法组织处理有关劳动、人事争议及相关协调工作；承担自治区劳动、人事争议仲裁委员会办公室日常工作。
（二十一）信访办公室
拟订自治区人力资源和社会保障信访政策和工作规章制度，监督、检查、指导全区人力资源和社会保障信访工作；负责受理、组织、协调、交办、转送、督办人民群众提出的有关人力资源和社会保障方面的信访事项；会同有关部门协调处理有关劳动、人事方面的重大信访事件或突发事件。
（二十二）劳动监察处
拟订劳动监察工作规划和工作规范；组织实施劳动监察，依法查处和督办重大案件；指导地方开展劳动监察工作；协调劳动者维权工作，组织处理有关突发事件；承担其他人力资源和社会保障监督检查工作。
（二十三）外国专家局
贯彻执行国家和自治区有关外国专家管理服务的政策法规；归口管理外国专家工作，完善国外人才资源库；实施外国专家行政许可及奖励工作；负责制定引进国外智力工作的有关政策、措施和管理办法并监督执行；负责引进智力成果的示范和推广工作；负责引进国外智力经费预算和分配方案并组织实施；归口管理自治区出国（境）培训工作，负责非教育系统公派留学和外语培训工作；负责人力资源和社会保障系统国际交流与合作事项。
（二十四）人事处
负责厅机关及直属单位人事工作和机构编制工作；拟订人力资源和社会保障系统干部教育培训工作计划并组织实施；负责人力资源和社会保障系统表彰奖励工作；承办自治区管理的部分领导人员的行政任免手续；负责厅机关及直属单位人员出国(境)政审工作；负责机关和直属单位社会团体的管理工作。
机关党委负责厅机关和直属单位的党群工作。
监察室（与纪检组合署办公）为自治区纪委（监察厅）的派驻机构，负责机关和直属单位党的纪律检查和行政监察工作，指导本系统党的纪律检查和行政监察工作。
离退休干部工作处负责厅机关、公务员局离退休人员管理服务工作；指导社会保险管理局及厅直属单位的离退休人员服务工作。
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