简单的说上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者.
上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5'位有个磷酸，3'位是-OH 就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5’端到3’端，因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。
下游引物：是沿着正链进行延长的。体外扩增DNA，双螺旋是部分或完全打开的，不存在冈崎片段，也不会一段段延长，理论上正反引物都是不间断延长的，和体内DNA自我复制是有区别的。
判断是上游引物还是下游引物的方法：是谁先复制谁是上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列／碱基相对于另一个序列／碱基而言的。
扩展资料
引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。
上游引物：Forward primer，F-引物，又称为正向引物；下游引物：Reverse primer，R-引物，又称为反向引物。
参考资料:
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标签：引物,上游,下游
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