北京医科大学始建于于1912年10月，时中华民国政府新成立不久，为了发展教育，政府颁布了新学制并开办了一批新式学校。而学校的前身国立北京医学专门学校的成立开启了中国中央政府举办西医教育的先河，并通过调整规章制度等努力，实现了西医教育在中国土地上的生根和发展。
学校发轫并成长于社会动荡且国弱民贫的民国时期，发展过程中几经校名更迭，甚至几度面临办学难以为继之困境，但师生同力同心，艰难的维持住了学校的生存与发展。文革以后，学校还培养出了新中国第一批医学博士，先后诞生了中国第一例试管婴儿等成果。
2000年4月3日，北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。2000年5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部，中国科学院院士、病理生理专家韩启德教授出任北京大学常务副校长并兼任医学部的主任。2003年，肿瘤分子生物学专家柯杨教授任北京大学医学部常务副主任至今。
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