甲状腺过氧化物酶抗体增高提示机体有免疫功能紊乱，很可能存在淋巴细胞性甲状腺炎，甲状腺过氧化物酶是甲状腺细胞产生和分泌的一种重要蛋白质，用于催化甲状腺素前体生成甲状腺素。
如果发生了淋巴细胞性甲状腺炎，机体会把甲状腺过氧化物酶误认为有害物质，而产生相应的抗体，破坏这种物质。
病变早期可以因为甲状腺细胞的破坏增加，导致细胞内存储的甲状腺素释放，诱发一过性的甲亢症状，进入慢性阶段后，这种抗体可以导致甲状腺细胞破坏和甲状腺过氧化物酶减少，进而导致体内的甲状腺素不足，诱发甲状腺功能减退，也称为桥本甲状腺炎。
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