感染军团菌后，轻者仅有流感样的症状，重者表现为以肺部感染为主的全身多脏器损害，大部分病人表现和大叶性肺炎以及支气管性肺炎相似，主要的症状有肌肉疼痛、头痛、高热、寒战、胸痛、咳嗽、咳黏痰，有的出现胸闷和呼吸困难。
军团菌还有一些并发症，除了引起肺部感染外，还可能并发肺部以外系统的损害，有时肺外系统受损可以出现在肺部感染之前，常见的有以下几类：
一，胃肠道，有腹痛、腹泻、恶心、呕吐、胃肠道出血、胃穿孔。
二，神经系统，表现为精神错乱、幻觉、昏迷。
三，皮肤，可以出现多形性红斑和丘疹等。
四，其他的有肾功能受损，关节痛以及血小板减少等。
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