这是一个黑暗的时代，世界被克隆人所统治，人类的生存受到了严重的威胁。爱好和平的人们组成了人类抵抗军，为了推翻克隆人的残暴统治而战斗。我是一名人类的特工，因多次出色的完成任务，被视为人类抵抗事业的希望。受压迫的人们叫我“自由之鹰”，其实我的真名叫“丹”。我深知自己所肩负的重任。克隆人的力量是非常强大的，单凭个人的力量起不了什么作用。我需要强有力的朋友地帮助，才能最终实现这一伟大的目标。终于，这一天到来了……
那是一天的清晨，我在树林边的公路上背回来一个因车祸受伤的姑娘。经过一番抢救，她醒了过来，但因头部受到的撞击而失去了记忆。在她的身上也没有任何的证件，可供证明身份之用。看到她着急的样子，房东依露大婶连忙安慰她，叫她不要着急。并以长辈的身份将这个姑娘托付给我，让我务必保护她的安全，帮助她恢复记忆。我虽然不情愿，但目前这种情况，也只好这样。当务之急是替她先弄到一张身份卡，因为在这里，没有身份卡被克隆人发现是十分危险的。至于恢复记忆的事，看来只好到自由人类控制的城市——维勒城治疗了。为了便于称呼，依露大婶决定先叫她“罗莎”，那是她以前女儿的名字。看到一切都有了安排，罗莎高兴的笑了。
第二天，我和罗莎在依露大婶和她孙子艾比的目送下离开了山谷。第一个目的地是琼岛镇，到那里找我的朋友巴迪。他能为罗莎解决身份卡的问题。一路向西，走出了矿山，前面就是矿山大桥，而琼岛镇就位与大桥的北边。一路上还算顺利，只遇到几个克隆警察，没费什么力气就把他们打发了，还得到了不少的装备。慢慢地，我发现罗莎对于格斗技巧和武器的运用都有很高的天赋，而且受到过相当程度的技能训练。她到底是什么人呢？
在琼岛镇的酒吧里，我打听到一些消息，并且听说商店的老板在夜里做一些黑市武器交易。穿过镇中心的广场，在城区的另一边找到了巴迪的家。可是不巧，巴迪被镇长叫走了，明天才能回来。没办法，我们只好先在旅馆住下。
第二天，我和罗莎刚走进巴迪的家，就看到一向温和的巴迪凶狠的将妻子摔倒在墙角，嘴里发出类似野兽般的声音。当他发现我们的时候，便发狂地冲了过来……经过一番战斗，当我们将巴迪制服的时候，他也渐渐的清醒过来。但是对于刚才所发生的一切，巴迪却一无所知。然而，他的妻子再也醒不过来了。
为了查明巴迪发狂的真相，找出真正害死他妻子的凶手，我和罗莎来到了镇长家。原来是镇长在巴迪不知道的时候，给他服食了一种可以控制人类精神的药物。而巴迪发狂，完全是因为药物的副作用造成的。看着镇长那不可一世的样子，我已无法按耐心中的怒火。“你不配作为一个人类生存在这个世界上！”我一枪结果了这个长着丑恶嘴脸的家伙。对于那些从各个角落里跑来为镇长助威的克隆兵，自然一个都不能放过。正当我们继续搜寻残余的克隆人时，在一楼的房间里发现了一个秘密实验室。在这里，我们找到了为镇长提供药物的费拉斯——一个克隆博士。在我们的一再逼问下，费拉斯说出了真相：克隆人的统治者莫森，为了更好的控制和利用人类，在各地都设有类似的机构。试图研制出一种药物来控制人类的神经中枢和改变人类的遗传基因，从而更好的为统治者服务……听到这里，我们非常震惊。
费拉斯趁机激活了实验台上的两个生化人向我们冲来。为了不让更多的人成为实验的牺牲品，我和罗莎举起了手中的武器……
回到了巴迪家中，他已将罗莎的身份卡做好了。但是，我给他带来的却不是好消息。由于基因变异是无法阻止的，所以，对与巴迪的现状我无能为力。终于，出于对亡妻的强烈自责和无发忍受发狂时的痛苦，巴迪自杀了。也许这对于他是一种最好的解脱。
镇长被杀，琼岛镇一片大乱。克隆人在到处搜查凶手。我担心依露大婶和艾比的安全，赶快回到了矿山的小屋。但还是晚了一步，依露大婶为了保护我们，被前来搜查的克隆士兵打成了重伤。当我们解决掉克隆兵后，依露大婶已经不行了。临终前，她托付我们将艾比带到孤岛灯塔的海鲸老人那里。说完就撒手而去了。时间紧迫，我们立即出发。穿过琼岛镇，就找到了孤岛灯塔。
当我向海鲸老人诉说完事情的经过，他不禁老泪纵横。原来三十年前，他和依露大婶曾经相爱过，要不是外星人的入侵……突然，门外响起了克隆兵的叫喊：“屋里面的人，都出来！”是克隆人，来的正好！我顾不得罗莎的阻拦，冲出了灯塔。而海鲸老人，这位三十年前的战士也一起加入了战斗。很快，这群尾随而来的克隆兵就被我们打了个落花流水。看来我们的行踪已经暴露无遗，这里不能久留了。海鲸老人建议我们去附近的海上机场，找架飞机离开。而他和艾比也先去森科岛避一避。分手时，海鲸老人将自己的绝技“鲸啸”传给了罗莎。
通过秘道我们来到了机场，谁知这里的飞机机舱被通通锁死了。这可怎么办？正当我们为之着急的时候，一架飞机降落了。我们过去一看，嘿！天无绝人之路。飞行员离开时竟未关闭机舱。我们赶快跑了过去，准备乘坐它离开。不巧的是，飞行员并未走远，在我们就要登机时被叫住了。幸好罗莎机智，谎称我们是想参观一下新时代的高科技产物。这飞行员是个漂亮的女孩儿，听罗莎这么一说，信以为真，便滔滔滔不绝的向我们介绍起来……我这是才注意到，身后的这架飞机是克隆人最新生产的CL—Z—M1型机。除非驾驶员本人，谁也开不走。既然如此，也懒得再听她废话。三五个回合就将这个自称叫凯茜的年轻飞行员制服。事后才知道，其实她也反对克隆人的统治。作为一个人类在克隆人的机场工作纯粹是出于对飞行的热衷。形势紧迫，我们赶快上了飞机。刚刚起飞，就被控制中心发现了，一束束的激光向我们射来。凯茜驾驶着飞机奋力躲闪，但最终还是被击中了。我们迫降在一片荒凉的土地上。
飞机虽然坠毁了，但幸好大案都平安无事。我们正式进行了自我介绍。凯茜是个性格活泼外向的女孩儿，当她听说我是个商品推销员时，就笑个不停，说什么也不信。由于这片荒原是生化人经常出没的地方，十分危险。所以我根本不想与她争论这件事，想办法尽快离开这里才是最重要的。
一行三人向着北方前进。绕过一座断裂的公路桥，继而向南行进。沿着山谷转向东后，荒野中出现了一座古代的遗迹。一路上不断的有生化人袭击我们，但都被击退了。沿着遗迹继续向南，来到了一座巨大的石质建筑前。我本想进去一探究竟，但看到两位女士疲劳的样子，也只好作罢。由此折向北方行进，来到了一片沼泽地附近。这里到处散布着古代船只的残骸，呈现出凄凉的景象。
我们离开了船只的墓地，继续向着西南方向前进。走着走着，凯茜问起我为什么要杀掉琼岛镇的镇长。我向她讲述了巴迪一家的悲惨遭遇和镇长的丑恶罪行。但凯茜对我的作法不以为然，认为我这样做对于克隆人的统治丝毫没有影响。继而大谈特谈起人类抵抗军的英雄壮举，还说只有默默地战斗，默默的贡献，甚至默默的牺牲才算的上真的英雄，就象“自由之鹰”。之后又对她心目中的这位偶像大加赞扬了一番。天哪！这个爱幻想的女孩儿，就象她亲眼见过一样。
我听到这里，也不禁问道： “怎么，你见过他吗？”
“当然……没有。不过他比你强多了。哪儿象你呀，眼光迷离，眼神涣散…”
听她如此强辩，我不禁哈哈大笑，“我不和你争辩，不过恐怕自由之鹰也不象你所想象的那样。”
凯茜还要与我争论，这时罗莎指着前面说道：“你们看，那是什么？”
只见一艘巨大的外星飞船出现在我们眼前，在飞船的外面竖有一块署名为“拉曼城房司令部”的警告牌：
“警--告--！本地区非常危险！严禁入内！后果自负！”
我注意到，飞船显然是二十几年前与外星人的战争中坠毁的，但警告牌并不是很旧，显然是最近一两年才竖在这儿的。由于这些情况非常可疑，我们决定进去查看一下。而凯茜则宁愿留在外面看风景，没办法，只好由她。（注：此处为分支剧情一。）
我和罗莎小心地走进了飞船的内部。这里虽然已废弃多年，但当时外星文明的辉煌还依稀可见。正在一路搜索，凯茜突然追了上来，身后还跟了一个大个子。经过介绍，这大个子名叫辛普萨，是个熊基生化人。看上去虽然有些笨，但是十分的强壮。他就住在这片荒原上，刚才是偶然和凯茜相遇的。辛普萨说，他愿意带我们走出荒原。就在凯茜滔滔不绝的向我们讲述是如何遇到辛普萨的时候，这个生化人却一直看着罗莎。一问才知道，辛普萨感觉罗莎跟我们不太一样，但原因他自己也说不清。可能是出于生化人的本能吧。我们对此也不以为然。
就在我们准备继续搜索飞船内部的时候，突然遭到外星人的袭击。经过一场激烈的战斗之后，我们在外星人冬眠室角落处的小舱室中，找到了奄奄一息的外星人首领。
“地球人……你们就不肯放过我们吗？你们的首领莫森命令你们来杀我？”
“我们的领袖莫森？”我们听他这么说都非常诧异。
“莫森和我们没关系。他也可以说是我门的敌人。”罗莎说道。
“那……你们为什么来到这里？为什么要攻击我们？”
外星首领的问话让所有人都觉得迷惑不解。当年要不是他们的进攻，地球也不会边成现在这个样子。况且，我们进入飞船时，并没想到这里还会有外星人存在。提起那场战争，外星首领表示非常的遗憾。他知道自己的生命快要结束了，缓缓地讲出了他们的殖民史：冈卡拉星人原本是爱好和平的民族。因为种种原因，冈卡拉星毁于一旦。为了生存，他们开始在星际中流浪，直到发现了美丽的地球。凯茜此时忍不住说道：“对，就象流氓进入了好人的家中。不但要抢占人家的房子，还要将主人杀死！”“不！不！事情并不是那样的。”外星人继续说道。在他们的同胞中产生了不同的意见。有的主张合作，共存，有的则提议消灭地球人。后来因为种种原因最终导致战争的全面爆发……残存下来的冈卡拉人为了生存下去，被迫与克隆人的首领莫森合作，用科技换取能源。最后落得如此悲惨的下场。听到这里，我心里不由得有种悲哀：冈卡拉星人为了种族的延续来到了地球，却因为一次错误的战争，整个种族消失了。而人类之间的争斗又会有什么样的结果呢？这位冈卡拉老人在临终前，将他们的一种绝技——“战神”的召唤术教给了我，以此来表达对这个世界的无限留恋。
离开了外星人的飞船，我们乘坐克隆人留下的飞船，向着拉曼——克隆人的首都进发。在那里，我有非常重要的任务要完成。
刚到达拉曼，凯茜就被拉曼城的繁荣景象吸引住了。罗莎也觉得曾经到过这里，对她来说这是件好事，也许对她的记忆恢复有帮助。当前最重要的是马上找到马克，我急须他的帮助。由于没有他的住址，我们抱着试试看的心境来到了酒吧。终于，一个自称叫汉斯的人说他认识马克，并让我们跟他走。来到一间公寓里，他才说出真实身份，他其实就是马克。当我向他表明此行的目的时，马克却表现的漠不关心。很显然，他并不愿意介入人类与克隆人之间的争斗。他关心的只是自己的研究，无论我们怎样劝说，他也不愿介入。最终还是布莱恩博士——马克昔日的老师的一封洋溢着师生之情和父亲般关怀的信将马克深深地打动了。他决定帮助我们完成破译克隆人绝密资料的任务。由于破译工作需要在克隆人研究中心大楼马克的实验室中进行，为了保证安全，我们决定和马克走一趟。
出了马克家，一直向前，来到一座埃佛尔铁塔式的建筑前。这周围的克隆兵还真不少，一定是这里了。我们刚要进去，却被门口的克隆兵拦住了。唉，没办法，只好伪装一下了。在附近随便扁倒几个克隆兵后，我跟罗莎换上了他们的衣服，大摇大摆的随着马克进入了研究中心。凯茜和辛普萨留在外面负责接应。
从大厅上电梯到一层，一路向左走，在有EXIT标志处上电梯。到二层后继续向左走，终于在第三层的深处找到了马克的实验室。我们一分钟都不能耽误，马上开始了破译的工作。谁也没有想到由于被破译的资料属于绝密文件，马克所用的终端机权限太低无法破解，反而触发了报警系统。一时间，大楼内警报四起，已隐隐约约能听到嘈杂的脚步声由远及近。不好，我们已经被发现了。我赶紧拉起仍旧对实验室内自己的研究成果恋恋不舍的马克，一起冲出了实验室。
当我们冲破克隆兵的层层阻拦，来到研究中心门外时，凯茜已经开着飞船等在那里了。大家迅速登上飞船，离开了拉曼城。目前这种情况，我们只好先回维勒城找布莱恩博士。
飞船顺利抵达了维勒城，我把伙伴们安顿在旅馆之后，一个人来到了隐藏在酒吧后面的秘密通讯室。此刻，布莱恩博士正在亚洲与当地抵抗力量商谈联合行动的问题。我向博士报告了此次行动的经过。布莱恩博士为马克的归来感到高兴，并给了我进一步的指示：到巴尔尼特山的伊曼将军那里，与他商讨中国军队的合作方案。随后，我向博士谈起了罗莎等几个在旅行中遇到的同伴，并表示出对罗莎身世的疑虑和担忧。我没有想到的是一路跟随我来到这里的罗莎此刻就在门外，当她听到我竟然会怀疑她时，伤心地哭了……当我听到门外的脚步声，赶快追出去的时候，什么也没有看见。忽然，街角处一个人影闪过，难道是罗莎？（注：此处为分支剧情二。）
烈火文明
我回到旅馆，见大家都在，罗莎也在，心里松了口气。时间不多，我简要的向大家介绍了一下情况，大伙就出发了。
刚到巴尔尼特山，就遭到了几个克隆特种兵的袭击。解决了他们之后，我不禁为伊曼将军担心起来。这些克隆人的精英部队怎么会出现在这里呢？
由此向南，很快就来到了抵抗军的基地。伊曼将军已经从布莱恩博士那里了解到了全部情况，并为我重返拉曼城准备了一件新式装备——隐身器。但还要去附近克隆人新建的基地中将主计算机的芯片取回才能使用。这种危险的任务书自然当仁不让。我们在基地中整顿了一下就出发了。（这里告诉大家一个小秘密：医务室中有一百宝箱，可无限此开启，也就意味着……嘿–嘿–嘿–嘿–！是毛毛虫也不一定哦！）
来到克隆人基地的附近，先由马克和辛普萨去炸毁基地的建筑物，引起混乱。我们趁乱杀了进去。在基地主楼前回合后，一股作气冲进了指挥室。击退了基地指挥官的进攻，我们顺利地那到了芯片。回到基地，伊曼将军对我们的高效率大为赞赏，亲自为我们送行。此时，几个同伴都已知道了我就是传说中的“自由之鹰”，都表示坚决服从我的领导。坐上飞船，一行人踏上了重返拉曼之路。
果然不出所料，在隐身器的帮助下，我们一路顺利的到达了位于研究中心三层的智脑控制室。在制服了里面的科学家后，我和马克开始进行资料的翻译工作。一切都在顺利的进行着。正当翻译工作就要结束的时候，由于辛普萨的疏忽，一个克隆科学家按响了报警器。一时间报警器尖锐的声音回响在整栋大楼里，所有的通道即将被关闭。“糟糕！”眼看着功亏一篑，我顾不得自身的安危，命令其他人立即撤离。资料的翻译工作马上就要结束了， 我必须带上它，不然以后就再也没有机会了。
罗莎等人遵从我的命令撤退了。而马克因为慢了一步，同我一起被关闭在控制室里。正当我俩准备寻找出口离开这里时，一台机器卫士从另外一个通道冲了进来。一通扫射之后，马克倒在了血泊之中。机器卫士一步步地向我逼近，凭我个人的力量无法与之抗衡。幸好此时罗莎她们因为担心我们的安危，又返了回来。大家合力将机器卫士打倒，但马克已经奄奄一息了。为了全人类的幸福与安全，我决定携带资料立即撤离，对马克，我只能说声“对不起”。
离开研究中心后，我们又击退了一组机器卫士的进攻性。当我们正准备离开时，一个未完全丧失功能的机器卫士向我发出了最后一击。凯茜发现了这一情况，眼看我已无避开的可能，便合身扑上，替我挡开了这致命的攻击。但她却……
“为什么？凯茜，你为什么要这么做？！”
“因为……我说过……为了你的安全，我宁愿牺牲自己。”凯茜吃力的回答。
“为了我，你着样做值得吗？”我抱着她，激动地说道。凯茜笑了笑，昏了过去。不！决不能让凯茜象马克那样离开我们。要以最快的速度赶回巴尔尼特山的基地。只有到了那里，凯茜就有生存的希望。
就在我们即将抵达巴尔尼特的时候，再次遭到克隆人的攻击。打败他们并非难事，但没想到那个带队的军官身上竟然装备了自爆装置。为了救我们，也为了就凯茜，辛普萨决定牺牲自己。他抱着那个克隆军官飞上了蓝天，越飞越高……
为什么？为什么会这样？竟然在一天之内连续失去了两个同伴。这是为什么？莫森，你这个人类的败类！我发誓，一定亲手杀了你，为死去的同伴们报仇！
风带着呜咽的声音掠过荒原……仿佛眼前又出现了辛普萨那憨厚的笑容，耳畔边又响起那粗犷的歌声：冲啊！勇敢的士兵……
在巴尔尼特山的基地里，经过治疗，凯茜的伤已经痊愈，只需要再休息几天就可以出发了。这期间，我一直陪着这位爱说爱笑的女孩儿。一天，当房间里只有我们两个的时候，凯茜向我说出了对我已久的爱慕之情。面对一个为了你不惜牺牲生命的女孩儿，我又能说什么呢？……
回到维勒城，见到了自亚洲返回的布莱恩博士。博士对于马克的死，感到非常痛心。当我们打开马克为之献出生命的绝密资料时，所有人都为这份资料的完整与详尽而震惊。这其中包括了克隆人最新的研究成果和冈卡拉星人的科学技术，还有克隆人的克隆技术和生产过程。这些资料足以使人类在几个月内赶上克隆人的科技水平。用不了多久，反攻的日子就会来到了！布莱恩博士既而为罗莎恢复了记忆，但她的样子并没有因此而高兴，也许她曾经有过痛苦的经历吧？
为了使罗莎高兴起来，凯茜把我们将要在教堂举行婚礼的喜讯告诉了她，并邀请她作凯茜的伴娘。罗莎向我们表示祝贺，但从她的眼神里可以看出来，她变得更加忧郁了。这是为什么呢？
婚礼进行的隆重而热烈。正当神父要宣布我跟凯茜结为合法夫妻的时候，一群克隆人冲进了教堂。
为首的一个自称叫里卡德的人冲我们说道：“艾莉小姐，我们终于找到你了。莫森先生派我来接你回去。小姐，请跟我走吧！”
艾莉，艾莉是谁？我不禁迷惑了。
这时候，罗莎上前说道：“里卡德，是莫森要你们来找我的？”
难道说，罗莎就是艾莉？就算这是真的，可莫森找她干什么？但当我们得知罗莎是莫森的女儿时，在场的人都为之震惊！
“你在说什么？罗莎，这是怎么回事？”我问道。
罗莎慢慢地转过身，“丹，对不起！我本想参加完你们的婚礼后就离开，在留下的信中向你们说明一切。现在你已经知道了，我是莫森的女儿，叫艾莉。”
“艾莉？罗莎，你……你没开玩笑？！”我怎么也不能相信这个事实。她曾经和我们并肩战斗，一起打击过克隆人的统治。她怎么会是……
罗莎向我们说出了一切。为了不让里卡德一伙克隆人伤害我们，罗莎决定与他们回去见莫森。但里卡德仍旧不肯放过我们，面对罗莎的阻拦，他说出了另外一件让人无法接受的事实：罗莎的母亲是克隆人，此刻已被莫森关了起来。原因是莫森查出我们所得到的资料，是罗莎的母亲送出的！因此，莫森已经下令，必要时可以杀死罗莎！看来我们已没有选择的余地，战斗！或者死亡！
正义必胜！这句古老的真理在里卡德临死的怪叫声中又一次得到了验证。
罗莎要走了，她谢绝了我们的一再挽留，要一个人去面对人生。就如她自己所说的：我的母亲，是一个克隆人，她给了人类很大帮助。而我的父亲，一个自然人，却给整个人类带来了灾难……人们将以什么样的态度对待我呢？……其实，人和克隆人的界限真的是不可逾越的吗？用种族来划分对立面真的是绝对的吗？……我想只有我在理顺了我家庭内的关系后，才能面对这个社会和世界。
“再见了，朋友！再见了，我的好伙伴！我希望在你们心中，我永远是罗莎，而不是艾莉。祝你们幸福！”
罗莎走了，一个人，迎着落日的余辉……
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