当时中国大陆对台湾的关系十分难以“启齿”,因为根本谈不上什么管辖。
天启二年(1622)六月,荷兰人第二次占领澎湖并构筑要塞,不断向明朝要胁通商,明朝举兵攻打,鏖战八个月仍胜负不分,在双方陆续展开的谈判中,明人已提议荷兰人退出澎湖迁往台湾来交换通商,据英国东印度公司档案1923年2月23日由Batavia寄呈董事会之信件称:"中国使节向荷兰人提议:荷兰人如愿放弃澎湖群岛。而迁往台湾,则可准其通商;该公使亦曾向我方提议,如我方愿往台湾,亦可同样通商",但荷兰人因已在澎湖辛苦打下根基,不肯退让,福建巡抚南居益乃上奏驱荷,於天启四年(1624)正月开始进攻澎湖,以兵船两百艘,拥众万人之势对付只有军舰十三艘,军队九百馀名的荷兰人却仍屡攻不下,鏖战八个月後,明朝因已支出军费十七万七千馀两,造成财政困难,而荷兰亦面临孤立无援的窘境,经和谈後,荷兰人撤至台湾,结束这场战役,中荷乃达成协议,以荷军撤出澎湖为条件,同意荷兰占领台湾岛。就明朝官员来说,澎湖是其领土,但没有意思到台湾岛的主权问题,所以怂恿荷兰占领台湾岛
明代时期的台湾岛尚未纳入中国版图,仅在澎湖驻军(至少在万历30年左右;元代似已如此,但个人目前无法确记)。当时陈第所写《东番记》,仍将台湾岛视为异国。
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