1、历史不同
中国国民党，成立于1894年，由孙中山先生创立，其前身是兴中会、中国同盟会、国民党、中华革命党。1912年，同盟会联合4个小党派改组为国民党。1919年正式称为中国国民党。
民主进步党（简称“民进党”），为中国台湾地区政党，于1986年9月28日在台北宣布成立。以民主进步党为首的绿营，与以中国国民党为首的蓝营并列为中国台湾两大政治势力。
2、主张不同
国民党的主张：
1、政治定位方面：明确声明国民党是“不是外省党，也不是台湾党，更不是台独党”，“本土化”绝不是族群化、省籍化、更不是“去中国化”。
2、两岸关系方面：全面清除李登辉分裂路线影响，回归“一个中国”路线。强调国民党对于“一个中国”的立场始终如一，在“九二共识”的基础上，追求两岸和平稳定关系，建立军事互信机制，建构台海和平区，在台湾优先的前提上，逐步迈向民主、自由、均富的统一。
3、在“国防外交”方面：建构全民参与的现代化“国防”，以精实军队战力，落实“有效吓阻、防卫固守“的战略指导。
民主进步党主张：
民进党的党章虽然开明宗义地表明，民进党是一个追求“民主”和“进步”的政党，然而民进党的党纲则素有“台独党纲”之称。其实，民进党的党纲经过多次修订，不断地朝“缓和”方向变化，但目前仍不脱“台独”色彩。
近年来，民进党又通过一系列决议文，来掩饰、修正党纲中赤裸裸的“台独”主张。除了“台独”内容外，民进党的党纲还主张建立“民主自由的法政秩序”、推行成长均衡的经济财政政策、建立“公平开放的福利社会”、培养“创新进步的教育文化”，以及推行“和平独立”的“国防外交”政策等。
3、政党架构不同
国民党的党务组织架构于2000年6月后开启了党务改造工作，改造后的组织架构主要为：
1、“全国代表大会”。为该党的最高权力机关，每两年召开一次会议，代表任期为4年。
2、主席。国民党设主席1名，自2001年后改由党代表选举产生为全体党员直接选举产生，任期4年，连选可连任一次。
3、中央委员会。中央委员会置委员210人，候补委员105人，由“全国代表大会”选举产生，任期4年。
民进党的全台代表大会为该党最高权力机构，每一年由中央执行委员会召集一次，必要时也可经中执委决定或全台5个以上县市党部书面提议召开。“全代会”的主要职责是修订党章，议定党纲，听取并审查中执委的报告，选举或罢免中执委委员等。而中执委作为常设的最高权力中枢，设置委员31人，并由除党主席外的30人互选出10人为常务执行委员。
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