肠道菌群不平衡可以使用抗生素，比如口服乳酶生和维生素。老年和青少年患者使用抗生素后虚弱，可口服乳酶生和维生素C，以预防肠道菌群紊乱。大手术前应注意配合全身支持治疗，如高营养、服用维生素药物、输血等。对于正常肠道菌群的恢复，轻度患者停药后可自行恢复。
重症患者除了可以口服乳酸杆菌制剂、维生素C和麦芽糖等，还可用健康成人粪便滤液保留灌肠，引入正常菌群。
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