合同的法理关系是一样的，都属于用合同建立用人单位与劳动者（工作者）的劳动与用工关系。但两种合同的属性与法源依据是有区别的。原有合同制工人的合同关系是劳动合同关系，受《劳动法》与《劳动合同法》的规范；事业单位的合同制实际上是人事制度的改革，属于一种人事聘用合同关系，受《事业单位人事管理条例》规范与调整。《事业单位人事管理条例》实施后最大的转变是将事业单位与职工确定为“合同关系”，下狠招打破终身制，实现人员能进能出动态机制。条例规定，事业单位与工作人员订立的聘用合同，期限一般不低于三年。事业单位工作人员连续旷工超过15个工作日，或者一年内累计旷工超过30个工作日的，事业单位可以解除聘用合同。事业单位工作人员年度考核不合格、且不同意调整工作岗位；或者连续两年年度考核不合格的，事业单位提前30天书面通知，可以解除聘用合同。把事业单位与工作人员之间的关系确定为“合同关系”，打破终身制，建立包括合同聘用、公平竞争、激励约束、权益保障的用人机制，逐步实现人员能进能出、岗位能上能下、待遇能高能低的目标，进一步搞活用人制度。
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