楼主，你好：（我用最简单、最直接的语言来回答你）
1、不管是FAT32还是NTFS都是硬盘的一种分区格式，你可以理解为是硬盘的一种协议、合同。它规定了硬盘的一些功能。
2、FAT32是原先老的硬盘分区格式（只是相对NTFS分区格式来讲），但是也是兼容性最好的硬盘格式，所以现在的U盘都是FAT32格式。但是缺点是无法存放超过单个4GB的文件（比如大小为4.2GB的一个压缩包，就不能存放到分区格式为FAT32的硬盘中）
3、NTFS是最新的硬盘分区格式，也是符合现时代硬盘使用的一种格式，它可以存放单个超过4GB的文件，比如说现在一个高清电影有的高达10GB大小，那么它就只能存放到NTFS分区格式的硬盘中。
4、一般装系统的时候为了兼容性考虑，就会把C盘分区为FAT32格式，但是现在兼容性已经不是问题，你可以自己改为NTFS格式的，只需要输入几个命令即可。不会损害任何数据，绝对安全。当然C盘也可以继续使用FAT32格式，因为我们一般存放东西也不再C盘的啊。
5、C盘FAT32转NTFS方法：
在运行中输入cmd（不加引号），然后输入convert c: /fs:ntfs（不加引号），然后再按提示操作就行了
专业回答，敬请采纳！
对于大容量硬盘没什么影响。
C盘是一般是系统盘不可能直接格式化
FAT32转NTFS、NTFS无损转FAT32
Windows XP本身支持NTFS分区，使用NTFS分区的安全程度和磁盘管理比其他分区格式要好。在安装Windows XP时，系统会自动让你选择是否将现有分区转化为NTFS分区，如果当时没有选择，而现在又想将硬盘转为NTFS，除了使用Partition Magic等工具软件外，其实还有一个更为简单实用的方法。
1. 点“开始→程序→附件→命令”提示符（这是Windows XP内置的一个类似于DOS的界面，内部所有的指令语句和DOS下的基本相同）。
2. 打开窗口以后，在光标的提示符下输入“convert c:/FS:NTFS”，然后回车。注意在“covert”的后面有一个空格。
3. 接着系统会要求你输入C盘的卷标，然后回车。卷标在“我的电脑”中点C盘，然后看它的属性可以找到。
这样就可简单地转换分区格式为NTFS了。这个方法只用于FAT32转为NTFS，不能将NTFS转为FAT32。
将NTFS格式转为FAT32格式
很多用户在安装Windows XP后，为了使系统运行得更加安全稳定，将系统所在分区转化为NTFS格式，方法也不复杂，只需单击“开始→运行”，然后输入瘫onvert c:/fs:ntfs”后回车，即可将C盘的FAT32文件格式转化为NTFS文件格式了。但该命令不能将NTFS文件格式转为FAT32文件格式。如果你想卸载Windows XP之后将C盘格式化为FAT32分区安装低版本的操作系统，可以用以下方法来转C盘的文件格式：
先将C盘的重要文件全部备份出来，然后将计算机设置为从光驱引导，执行Windows XP安装操作，在出现是否选择“故障恢复控制台”界面后选择它，输入“format c:/ fs:fat32”后回车，即可将NTFS格式分区转化为FAT32格式分区。
将FAT32转为NTFS格式的命令行参数：
CONVERT C:/FS:NTFS /V
其中C:是要转换盘的盘符，可以是其他的盘符，如D:、E:、F:等。
此命令可在WINXP、WINSRV、WIN2K上执行。
NTFS吧，NTFS支持最大超过2G的文件，而且稳定性比FAT32高。
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