截至2019年4月，牡丹江市辖4个市辖区、5个县级市、1个县，分别是：东安区、阳明区、爱民区、西安区、绥芬河市、海林市、宁安市、穆棱市、东宁市、林口县。
1、爱民区
是牡丹江市下辖区，地处牡丹江市区西北部，以滨绥铁路线为界与西安区、东安区、阳明区相邻，其它周边与海林市接壤，俗称“桥北”。
截至2019年4月，爱民区辖区总面积389平方公里，其中城区面积29平方公里，下辖1个乡12个村，7个街道办事处26个社区委。
2、西安区
地处黑龙江省牡丹江市城区西南部，东与东安区毗邻，西部、南部与宁安、海林市接壤，北与爱民区隔道相望。距省会城市哈尔滨300公里，距东宁口岸230公里、绥芬河口岸165公里。全区总面积445平方公里。
截至2014年，西安区辖6个街道、1个镇和1个民族乡，即先锋街道、火炬街道、立新街道、牡丹街道、江滨街道、沿江街道、温春镇、海南朝鲜族乡。
3、穆棱市
位于黑龙江省东南部，穆棱市得名于“穆棱河”，地理坐标：东经129°45'19"至130°58'07"，北纬43°49'55"至45°07'16"。行政区总面积6187平方千米。截止2011年，穆棱市通车总里程已达2099.082公里。
截至2019年4月，穆棱市下辖乡镇：八面通镇、下城子镇、马桥河镇、穆棱镇、兴源镇、河西镇、福禄乡、共和乡。穆棱市政府所在地是八面通镇。
4、东宁市
位于黑龙江省最东南部，属牡丹江市所辖的边境县级市，南与吉林省相邻，东与俄罗斯接壤，北与穆棱市和牡丹江市毗邻，西与宁安市搭界。地理坐标为东经129°53′—131°18′，北纬43°25′—44°35′。
东宁市总面积7139平方公里。截至2015年，东宁市辖5个镇、1个民族镇：东宁镇、绥阳镇、老黑山镇、大肚川镇、道河镇、三岔口朝鲜族镇。
5、林口县
地处黑龙江省东南部、牡丹江市北部，张广才岭、老爷岭和完达山脉交接处。东与鸡东县、鸡西市毗邻，西与方正县、海林市相连，南与牡丹江市、穆棱市交界，北与依兰县、勃利县接壤。林口县总面积6638平方公里。
截至2019年4月，林口县辖9个镇、2个乡：林口镇、古城镇、刁翎镇、朱家镇、柳树镇、三道通镇、龙爪镇、莲花镇、青山镇丶奎山乡、建堂乡。
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