布拉氏酵母菌散是餐后服用，用不超过50℃的温水冲服，这是因为布拉氏酵母菌散含有活菌，不能耐受高温，在50度及以上的时候活性就会被破坏而失活，因此服用益生菌时，水温不能高于50度。
同时用药期间不能饮酒，也不能与氟康唑、伏立康唑等抗真菌药同时服用，以免导致布拉氏酵母菌散失效，同时服用需要间隔2小时以上。
在ICU或者有气管切开患者的病房中使用布拉氏酵母菌散需要特别注意，布拉氏酵母菌散是活菌制剂，撕开包装时活菌可能散播在空气中，造成病房患者药源性真菌感染的危险， 因此建议在专用房间内配制完毕后再使用 。
如果是中央静脉导管输液的患者，是需要避免使用的，以免经手传播将布拉氏酵母菌定植在输液管上，进入血液循环，这有引起真菌血症的危险。
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