彭宇案当事人双方达成了和解协议，根据和解协议书的明确要求，赔偿责任和数额都不得公开。
2011年6月16日，天津市红桥区人民法院就此事作出判决，许云鹤被判决承担40%的民事责任，赔偿王老太108606.34元，其中包括残疾赔偿金87454.8元。
判许云鹤用的是三维重建模型，还原事件真相。
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当时舆论压力巨大，法院提供的材料又少得可怜，我们请了上海医界最知名的骨科专家和法医学专家会诊，大家都觉得，这个案子要还原真相不容易。”李正东回忆说，“陈老师带着我们梳理出此前案件的三个争议点，在排除前两个争议点后，针对第三个关键点寻找鉴定技术突破口。
一是针对保险杠高度高于膝盖，撞击不成立的争议。陈忆九认为：汽车紧急刹车车头自然向下压，撞击时高度可以吻合。
二是护栏高度问题。许云鹤声称护栏“大约1米高”，那么身高不足一米六的王秀芝要想跨越就容易摔倒。为此陈忆九等专家专门到现场实地勘察，发现护栏高度仅为50公分，王秀芝跨越难度并不大。
三是王秀芝右小腿骨折是撞伤、还是摔伤，抑或是撞击后摔倒所致？陈忆九决定利用“虚拟解剖”及“损伤生物力学重建” 技术来还原真相。
“这门技术的核心是用人体数据构建正常状态和损伤状态的模型，通过两者的对比，加载不同的致伤条件，模拟损伤形成过程。”尽管当时这门技术尚处于科学研究阶段，但他们还是决定试一试。李正东接下了这个活。
这是一个重复、漫长和枯燥的过程。
“当时比较幸运的是，医院保存了王秀芝案发时拍摄的双腿CT电子数据，这些数据很完整，是我们三维建模的关键。我先给王秀芝的右腿构建了损伤后的模型，然后再利用其左腿的数据用镜像（对称反转）的方式构建了右腿损伤前的三维有限元模型。”李正东说。
再接下来就是要对外力作用下的人体损伤过程进行仿真比对。“假设、求证、否定，再假设、再求证、再否定，我们从不同方向、按不同大小的力量对损伤状态加载求证，前后进行了100多次的加载，中间不留灰色地带，力求整个求证比对过程是完整而不留盲区的。”李正东说，这个过程下来，王秀芝的损伤仿真模拟渐渐明晰了起来。
根据这些完整的实验数据，陈忆九做出了判断：王秀芝腓骨小头骨折由撞击直接形成。
“陈老师认为，一方面摔倒致伤位置不符，作用力的大小也不符合摔伤形态；另一方面影像显示胫骨呈现倒T形骨折，符合撞击致伤的形态。”李正东说。
生物力学最直观地模拟了许云鹤案的事故现场，其说服力不言而喻，彻底避免了以往依靠“经验判断”而备受争议的尴尬。二审开庭，陈忆九亲自出庭，并当场呈现了生物力学模拟仿真的事故现场，面对这一切，许云鹤沉默了……
法院最终判决，许云鹤撞伤王秀芝的事实成立，根据各自事故责任，许赔偿王10.86万元。
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