机动战舰TV版简介：
被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战”
一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。
在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。
跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。
机动战舰剧场版简介：
机动战舰Movie-The Prince of the Darkness
背景
地球和木连结盟后，宇宙总算恢复和平。天河明人和御统由利加终于结婚了，但是在新婚旅行中，他们因乘坐的飞机失事爆炸而遇难……然后，三年过去了。
剧情
可怜的由利加被禁锢在火星遗迹内，当作波色子单体跳跃的天线
世间人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，紧接着的……是离别
刺耳的警报声骤然响起，通过无线电传入每个人的耳中。八号殖民地“白雪公主”正遭到突如其来的袭击，防御力量正被迅速瓦解。与此同时，“白雪公主”内部突然出现几个头带斗笠象僧侣一样的人开始追杀研究员……当入侵的机器人突入“白雪公主”的时候，里面已经血流成河。那些僧侣们留下一句“你来迟了一步，复仇者，你还未够道行啊”，就神秘的消失了。
接到求救的联合宇宙军战舰迅速赶到，但是“白雪公主”各处已经开始发生爆炸。入侵的机器人留下的唯一踪迹是玻色子跳跃前的模糊影响，而这种跳跃应该是比它大几十倍的大型战舰才能做到了，幽灵机器人的说法因此不径而走。
因为四个殖民地连续发生爆炸，地球统合军成立意外调查委员会负责调查次事，但他们不信有关机器人玻色子跳跃的事情，还把宇宙军排除在外。为此联合宇宙军自行展开调查，计划从玻色子跳跃系统入手，这就牵涉到葫芦计划。葫芦计划是在人类活动频繁的宇宙区域内的一些殖民地之间建立玻色子跳跃通道，这样拥有次元歪曲防壁可以经受跳跃冲击的战舰就可以通过郁金香方便的来往于各地。按照计划，星野琉璃少校任舰长的机动战舰NADESICO·B奉命出发前往葫芦计划的中枢——殖民地“天照”。
在殖民地“天照”，琉璃受到当地指挥官的故意怠慢，于是她将计就计，表面上接受殖民地安排的所谓“检查”，暗地里利用NADESICO·B里的超级电脑“思兼”侵入“天照”的电脑系统，结果不仅发现有葫芦计划正式设计图上没有的玻色子跳跃通道，还发现大量非正式的玻色子跳跃的人体实验记录。
正在这个时候，“天照”内的电脑系统出现反常现象，电子屏幕上充满了OTIKA的字样，无法正常工作。“OTIKA反过来就是AKITO，也就是明人”，突然想到这点的琉璃似乎预感到什么，“那是暗号，还是巧合？但是那个人……明人和由利加已经死了呀。”
入侵者终于出现了，在玻色子的灿烂光芒中。连NADESICO也无法识别的入侵机器人虽然只有十来米长，但是激动性和威力却非常强大。这时琉璃果断地命令NADESICO进入战备状态但不参与“天照”的保卫战斗，而是静观其变。另一方面，天照出动的是凉子带队的爱特巴里斯队，入侵者似乎抵挡不住迎击而想要撤退，可是谁知这是调虎离山之计。当爱特巴里斯队被引到殖民地外圈的时候，一艘不明战舰突然通过时空跳跃出现，用重力波炮攻击使殖民地警卫队损毁严重，入侵机器人也乘乱进入了殖民地内部。
这时在殖民地指挥部，一伙自称火星后继者的人发动政变占领了“天照”，而另一方面紧随入侵机器人进到基地内部的凉子在那里见到了上次战争中地球和木星都想得到的火星遗迹——玻色子跳跃的黑匣子。黑暗中突然传来一阵摄人心魄的铃声，“危险！”，听到了黑色机器人驾驶员的警告，凉子侥幸躲过了偷袭。偷袭者出现了，他们就是上次在“白雪公主”大开杀界的那些僧侣，也是火星后继者背后的影子——心黑手辣的暗杀者。僧侣的首领向黑色机器人发话了，“你要死在自己的妻子面前吗”，随着这话音，遗迹缓缓展开，出现在里面的竟然是由利加。原来由利加没有死啊，凉子想，那么明人呢？刚才黑色机器人驾驶员的声音怎么这么耳熟？啊！是明人，他们都还活着！
混战中凉子被赶来支援的赤月救出，明人和由利加下落不名。“天照”终于被火星后继者给爆破了，之后火星后继者占据了火星极冠，在那里和他们的支持者集结，想要依靠遗迹的力量和统合军对抗。
通过调查，大家得知火星后继者造就和尼鲁加路的竞争对手联合起来，希望通过掌握波色子跳跃通道的“葫芦计划”来达到起野心。为此需要那些为数不多的A级跳跃者来做玻色子单体跳跃的领航员，明人和由利加就是在蜜月旅行的时候被火星后继者绑架了的，当局为了保密才宣称他们不幸遇难。后来明人侥幸逃脱了出来，一直在暗中和火星后继者战斗。
面对新的威胁，琉璃等人奉命回地球召集人手，已经退役的原NADESICO成员又重新聚集起来，更有不少年轻人加入。然而，到达地球的不只是他们……战斗即将爆发，结局到底是什么样的呢？请大家自己去看吧。
本作中，明人乘坐的黑色机器人（其实就是他的爱特巴利斯外面加装了高强度装甲和高性能辅助推进器）一开始似乎是以敌人的身份出现的，当剧情进行到一半的时候，真正的反面势力终于浮出水面，明人则与NADESICO的成员一起并肩战斗。
比其前作来，几个主要人物都有一些变化。
天河明人不再是那个优柔寡断的男孩子了，残酷的经历使他变得冷静果断，为了救出由利加他充满了复仇的斗志。
一直深爱着明人的御统由利加在本作中好可怜，为了剧情的需要，只能一直沉睡着，而且到结局也没能和明人重聚（由利加：“明人你好狠心呀”）。
星野琉璃16岁了，还是象以前那么可爱，还是象以前那么冷酷，不过比以前更漂亮了（当然了，在TV版一开始，她可只有11岁呢）。这个NADESICO中人气度最高的小女孩（也是当年日本动画角色TOP ONE）终于做了舰长（看来她很有舰长缘，以前在一日舰长的选举（美？）中就胜出过，只不过当时自己放弃了），这次的戏分比明人的还要重呢。
三个爆裂女机师——凉子、阿光、阿泉各奔东西。凉子跑道地球统和军里去了，打起仗来还是干劲十足。阿光当起了漫画家，整天为来不及交稿而烦恼。阿泉则在酒吧里谈琴唱歌，与她的性格非常相符。不过后来她们再度和名人一起战斗，谈笑间击落敌人的战机。
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