临床上，唇腭裂形成的原因有家族遗传性、营养因素、烟酒、放射线影响等。
唇腭裂有家族遗传倾向，如果家族中有人患唇腭裂，婴儿患唇腭裂的风险就会增加，有多个不同的基因与唇腭裂发病有关；另外，有动物实验发现，当小鼠缺乏叶酸时，维生素A、泛酸等营养物质是腭裂在内的各种畸形也可发生，但目前学术界对此有一定争议。
胎儿期约5~12周，是上颚、嘴唇形成的阶段，在此期间如果由于各种原因的影响造成分化和不良，就会发生唇腭裂。例如，孕妈妈在孕期有吸烟、饮酒或接触放射性物质的情况，细菌、病毒感染等都是造成唇腭裂的高危因素。
如果宝宝出现唇腭裂，往往需要通过手术来治疗，一般来讲，越早手术越有助于上唇的正常功能和形态的尽快恢复，有助于减少瘢痕组织的生成。但年龄越小做手术，手术的要求就越高。所以应该及时就诊，在医生的指导下进行治疗。
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