1985年毕业于云霄一中，考入中国科学技术大学生物系，结束五年本科后去了美国。
1991年1月正式入学密歇根州立大学生物化学系。
1993年，在美国读书的方舟子经常浏览一个缩写为ACT的中文网站，这是当时全美乃至全球唯一的中文网络，方舟子在这里发表了不少文史类小文章，成为圈子里公认的“网文八大家”之一。
1994年创办网络文学刊物《新语丝》，主持新语丝网站；次年，基于金庸小说形成的网络游戏“侠客行”上线，台湾最先出了繁体中文版，简体版则是方舟子参与制作。曾有人联系方舟子想将他的“新语丝”和网络游戏这两个平台商业化，遭到拒绝。再后来，他放弃版权，公开了“侠客行”源代码，游戏迅速遍及各大院校，而“新语丝”最终被他注册成为非盈利性机构。
方舟子留学美国 (5张)
1995年获美国密歇根州立大学生物化学博士学位。先后在美国罗切斯特大学生物系、索尔克生物研究院做博士后研究，研究方向为分子遗传学。
1998年起主要从事写作工作，10月回国。
1999年，方舟子率先组织了对某邪教组织的批判。
2000年创办中文网上第一个学术打假网站“立此存照”，揭露了多起科学界、教育界、新闻界等领域的腐败现象。
2012年7月11日，互动百科聘请方舟子为该公司首席科学顾问。
2013年7月21日，“健康中国人网”正式启动上线，方舟子任总顾问。[
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