胎儿药物代谢的主要器官是肝脏，因而也是药物损伤的主要靶器官，由于肝脏功能不完善，所以胎儿对药物的解毒能力较成人低。
许多药物的代谢主要在胎儿肝脏中进行，因胎儿肝细胞内尚缺乏催化葡萄糖醛酸苷类生成的酶，因此胎儿对药物解毒的能力很差，所以胎儿体内的药物浓度较母体高。
孕妇用乙醚、巴比妥等成分的药物时，药物通过胎盘由脐静脉流经门静脉进入肝脏的血流量约占1%，有约50%的脐静脉血经腔静脉导管分流，直接进入胎儿大循环，其中一些未经代谢的活性药物可直接到达胎儿的心脏和神经系统造成毒性。
而有些药物降解后，仍然可以有毒性，例如苯妥英钠在体内可被肝微粒体酶代谢，形成对羟苯妥英钠，此物干扰叶酸代谢，竞争核酸合成酶系统而产生致畸作用。因此孕妇用药对胎儿有很大影响。
所以建议孕妇尽量避免应用药物，以减少对胎儿的影响。
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