甲状腺的疾病主要分为三大类：
第一大类，甲状腺功能异常，其中包括甲状腺功能亢进和甲状腺功能减退。
甲状腺功能亢进又包括原发性甲亢和中枢性甲亢，甲状腺功能减退也包括原发性甲减和中枢性甲减；
第二大类，甲状腺的炎症，甲状腺的炎症抑制性不同，其中根据病程又可以分为急性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎和慢性甲状腺炎；
第三大类，甲状腺的结节，甲状腺结节又分为良性结节和恶性结节，通常良性结节没有明显的压迫症状，不需要手术治疗。
甲状腺的恶性结节又分为分化型的甲状腺癌和髓样癌，以及未分化甲状腺癌。
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