查加斯病潜伏期为二十天左右，此期鞭毛体在细胞内繁殖，产品鞭毛体在细胞间传播并共存于血液中。急性期锥虫侵入部皮下结缔组织出现炎症反应，首次出现暂时性荨麻疹。感染半个与左右后，被刺的部分出现结节。如果侵入部位是眼结膜，就会出现单侧性眼眶周围浮肿、结膜炎及耳前淋巴结炎。虽然很多患者没有这个体征，但感染后半个月左右会出现虫血症，可持续数月。
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