沙门氏菌感染的临床表现多种多样，可分为肠炎、伤寒、败血症和局部化脓性感染。
1、肠炎型(食物中毒)
它是沙门氏菌感染最常见的形式，潜伏期一般为8~24小时。
急性疾病，常伴有感冒、发烧，但热量一般不是很高，同时出现腹绞痛、胀气、恶心、呕吐等症状。然后腹泻，每天几次到十次或更多，如水样、深黄色或绿色，有些有恶臭。
粪便经常混合未消化的食物和少量的粘液，偶尔有脓液和血液，当炎症蔓延到结肠的下部时，可能有紧急和严重。
大多数病程为2~4天，有时持续时间较长。
鼠伤寒沙门氏菌感染，主要是腹泻、高烧、脓、血；成人高烧少、热短、腹痛、紧急重、儿童高烧长、呕吐脱水。
偶尔出现霍乱暴发性胃肠炎，患者呕吐和腹泻严重，早期体温升高，立即下降，脉搏弱、速度快，可出现严重脱水、电解质紊乱、肌肉痉挛、尿少或尿闭，如抢救不及时，可在短期内死于急性肾功能衰竭或周围循环衰竭。
2、伤寒型
非伤寒沙门氏细菌感染可引起类似伤寒的临床表现，其中猪霍乱菌较为常见。症状一般比伤寒轻，长期发热，伴有胃肠症状，或以胃肠炎为前驱。皮疹少见，腹泻多，脾肿大，白细胞总数低，肠穿孔、肠出血等并发症少。病程大多只有1~3周，沙门氏菌可以通过血粪培养获得。复发的机会比伤寒多。
3、败血症型
在免疫功能正常的宿主中，沙门氏菌感染不可能导致败血症10％，而艾滋病(AIDS)可高达45％。败血症患者约1/3~1/2有肝硬化、系统性红斑狼疮、白血病、淋巴瘤或新生物，预后差。这种类型的主要特点是长期发热，体温可以高达40℃以上为不规则热（放松热或间歇性热），伴有反复寒战、出汗、头痛、恶心、厌食、体重减轻。部分患者有胃肠炎症状，偶尔出现脾肿大。约四分之一的患者在病程中有局部感染病变。骨关节最常见，可累及多关节，延迟形成瘘管。新生儿和婴儿的脑膜易受侵犯，死亡率高达80％其他包括支气管肺炎、肺脓肿、胸膜炎、脓胸、心包炎、心内膜炎、肾盂肾炎等。
4、局部化脓性感染
可发生在任何部位，但常发生在缝线、骨折、组织器官移植、动脉粥样硬化斑、肿瘤等原有病变或活力较弱的部位。
该类型无胃肠炎或全身症状，只形成脓肿，呈慢性倾向，需要通过病原体检查进行明确诊断。
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