Kallmann综合征的主要病因尚不明确，可能与基因突变有关，导致下丘脑完全或不完全丧失合成分泌促性腺激素释放激素的能力，好发于有家族史者，Kallmann综合征目前尚未明确有其他诱因。
基因突变：Kallmann综合征的发病与KAL1基因、成纤维细胞生长因子受体1基因(FGFRI)、成纤维细胞生长因子8基因(FGF8)、前动力蛋白2基因受体(PROKR2)、前动力蛋白2基因(PROK2)发生突变有关，导致下丘脑完全或不完全丧失合成分泌促性腺激素释放激素(GnRH)的能力，导致患者性腺发育不良。
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