如同其他大部分的美国航天飞机一般，发现号的命名，源自于一艘18世纪时的英国探险船，伴随著名的詹姆斯·库克(James Cook)船长远征南太平洋的发现号(HMS Discovery)。在库克船长的探险中，完成了包括发现夏威夷群岛、新西兰乃至于确认澳洲大陆存在等的功绩，而同行中的另外一艘探险船奋进号(HMBarque Endeavour)也成为NASA另一架航天飞机奋进号的命名由来。除此之外，库克船长也曾搭乘发现号探索南阿拉斯加与西北加拿大之间的海岸线，虽然当时正值美国独立战争期间，英国与美国是交战国，但由于发现号从事的是非常重要的科学任务，本杰明·富兰克林甚至特别下达美军不准对该船发动攻击的指令。
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