百日咳杆菌是一种革兰阴性杆菌，特点就是比较短小，卵圆形，没有边毛，不能活动，有一定的嗜血性。按照菌落的形态或者独立和侵袭力的不同可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ。
一般Ⅰ型传染性比较强，只有Ⅰ型的菌落适于制作百日咳菌苗，同时按照菌落的光滑细小程度、透明程度可分为光滑型和粗糙型。
百日咳杆菌还能产生百日咳杆菌黏附素，令白细胞增，高促进因子等。百日咳具有严格的寄生性，对外的抵抗力比较差，感染之后会很快死亡，不能耐受干燥，加热到60℃，15分钟即可死亡。
临床症状主要是阵发性痉挛性咳嗽，伴有伸长的鸡鸣样回声类似的咳嗽。
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