肠胃炎最好的治疗方式，仍然是病因治疗和对症治疗。一般针对于轻度的脱水，给患者服用补液盐，对于中度甚至重度以上的脱水，给患者可以静脉点滴生理盐水、葡萄糖水以及复合维生素、能量合剂以及电解质等，可以适当服用益生菌、平衡肠道菌群紊乱的状态，还可以联合服用健脾胃的中成药。
此外针对于细菌感染，应该联合使用敏感的、抗生素，比如可以选择喹诺酮类的药物，头孢菌素第3代类药物，并且随时复查血常规和大便常规，来调整治疗方案。
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