主要区别是，性质不同、行政地位不同、主要职责不同，具体如下：
一、性质不同
1、市委书记
市委书记，全称中国共产党某某市委员会书记，指中国共产党设在市一级的委员会（即市委）负责人。
2、市长
市长是城市的政府行政首长。
二、行政地位不同
1、市委书记
市的第一领导。
2、市长
市的第二领导。
三、主要职责不同
1、市委书记
①、负责所在市一级区域内的党务工作，加强党的领导。
②、根据上级党委的指示，开展本地区党的建设工作，设立政法委员会，党委组织部 等部门分工负责。
2、市长
主持市人民政府的工作。
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