肌肉萎缩的原因包括神经源性肌萎缩、肌源性肌萎缩和废用性肌萎缩、缺血性肌萎缩，神经源性肌萎缩是指神经肌肉接头之前的神经结构病变，所导致的肌萎缩，一般起病比较急，进展比较快，病变累及脊髓前角细胞时可以出现肌肉萎缩，一般见于急性脊髓灰质炎、进行性脊肌萎缩症和肌萎缩侧索硬化症。
当损伤部位位于神经根或神经干时也可产生肌萎缩，常见于腰骶的外伤和颈椎病。
多神经根或神经丛的损害常出现以近端为主的肌萎缩，主要是见于急性炎症性脱髓鞘性多发性神经病，就是常说的格林-巴利综合征。
当单神经病变时可以产生按神经支配分布的肌萎缩，比如由桡神经损伤或正中神经损伤导致的肌萎缩。
肌源性肌萎缩一般是由于肌肉的疾病导致的肌萎缩，主要是指神经肌肉接头突出后膜以后的病变导致的，一般疾病包括进行性肌营养不良、强直性肌营养不良和肌炎等疾病。
废用性肌萎缩常见于由于脑血管病等上运动神经元损害，而导致的肌萎缩，或者是由于昏迷而不能活动导致的肌萎缩，还有由于肌肉血管病变导致的缺血性肌萎缩。
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